Το Νοσοκομείο «Άγιος Παύλος» υπάγεται στην 4η Υγειονομική Περιφέρεια Μακεδονίας & Θράκης. στεγάζεται σε κτιριακό συγκρότημα, συνολικής δομημένης επιφάνειας 6.260 τ.μ., επί της οδού Εθνικής Αντίστασης 161 το οποίο αποτελείται από ένα κεντρικό τετραώροφο κτίριο και 8 μικρότερα διασκορπισμένα σε ένα οικόπεδο 18.640 τ.μ.

Το Νοσοκομείο αποτελεί το μοναδικό δημόσιο νοσοκομείο που εξυπηρετεί το ανατολικό τμήμα της Θεσσαλονίκης και περιλαμβάνει τους Δήμους Καλαμαριάς, Πυλαίας-Χορτιάτη, Θερμής και Θερμαϊκού. Η συνολική έκταση της περιοχής ευθύνης του Νοσοκομείου  «Άγιος Παύλος» είναι 300.000 στρέμματα, ενώ στην περιοχή αυτή έχει υπάρξει και ραγδαία πληθυσμιακή αύξηση τις δυο τελευταίες δεκαετίες. Το νοσοκομείο συμμετέχει στο πρόγραμμα εφημεριών της πόλης της Θεσσαλονίκης.

Σημαντικό είναι επίσης ότι εξαιτίας της γεωγραφικής θέσης του Νοσοκομείου είναι το πλησιέστερο στην Χαλκιδική και έτσι κατά τους θερινούς μήνες αντιμετωπίζει πολλά περιστατικά τουριστών.

Η προσπέλαση από και προς το Νοσοκομείο διευκολύνεται από το γεγονός ότι η τοποθεσία του Νοσοκομείου είναι αποκεντρωμένη και περιβάλλεται από οδικές αρτηρίες ταχείας κυκλοφορίας και ιδιαίτερα την περιφερειακή οδό της Θεσσαλονίκης. Έτσι το Νοσοκομείο εξυπηρετείται από πολλά μεταφορικά μέσα αλλά και από την ύπαρξη χώρου πάρκινγκ. Επίσης, σε κοντινή απόσταση βρίσκεται το αεροδρόμιο Μακεδονία που επιτρέπει την προσπέλαση περιστατικών διακομιδής.

Αρχικά, το 1987 με το ΦΕΚ 39Β/20-1-87 το «Άγιος Παύλος» προέκυψε ύστερα από την συγχώνευση του Α΄ Νοσοκομείου Ι.Κ.Α. Θεσσαλονίκης και του Νοσοκομείου Ι.Κ.Α. «Άγιος Παύλος». Η συγχώνευση αυτή και η μετατροπή των δύο νοσοκομείων  σε ενιαίο νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου (ΝΠΔΔ) έγινε στα πλαίσια του Ν. 1397/83 για το Εθνικό Σύστημα Υγείας. Το νεοϊδρυθέν αυτό ΝΠΔΔ απαρτίζονταν από το Α΄ συγκρότημα που βρισκόταν ανατολικά της Θεσσαλονίκης επί της οδού Εθνικής Αντίστασης και το Β΄ συγκρότημα που βρισκόταν δυτικά επί της οδού Φράγκων. Ο πρώτος Οργανισμός του Νοσοκομείου «Άγιος Παύλος» εκδόθηκε το 1987 και ως πλήρη επωνυμία του ορίζονταν «Νομαρχιακό Πρώτο Γενικό Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης «Άγιος Παύλος»». Το 1995 ο Οργανισμός του Νοσοκομείου τροποποιήθηκε και προστέθηκαν νέες μονάδες ενώ το 1999 διακόπηκε η λειτουργία του Β΄ συγκροτήματος του Νοσοκομείου.  Το 2011 με την εφαρμογή του Ν. 3918/2011 το Β΄ Νοσοκομείο ΙΚΑ-ΕΤΑΜ «Παναγία» εντάχθηκε στο Νοσοκομείο «Άγιος Παύλος» και διέθεταν από κοινού 384 ανεπτυγμένες κλίνες (177 στο κτιριακό συγκρότημα του νοσοκομείου και 207 στο παράρτημα ΠΑΝΑΓΙΑ). Στα τέλη του 2013 όμως σταμάτησε η λειτουργία του και αποφασίστηκε η μεταστέγαση συγκεκριμένων τμημάτων στο κτιριακό συγκρότημα του Νοσοκομείου «Άγιος Παύλος» και η ταυτόχρονη μεταφορά του προσωπικού που υπηρετούσε σε αυτά, ενώ τα υπόλοιπο προσωπικό μεταφέρθηκε στο ΑΧΕΠΑ και στο Ιπποκράτειο.

Σήμερα το «Άγιος Παύλος» διαθέτει 210 ανεπτυγμένες κλίνες ενώ με βάση τον  Οργανισμό η συνολική δύναμη του ορίζεται σε τετρακόσιες (400) οργανικές κλίνες.